Kialakulását a szájüregben naponta képződő bakteriális lepedék idézheti elő, ami a kritikus helyeken, a fogközökben és az ínyszél mentén is kialakulhat. A lepedékben már néhány óra alatt is vastag, bakteriális telepek képződnek: ezek olyan anyagokat termelnek, melyek hatására az ínyszél védelmi rendszerei aktivizálódnak, az íny ödémássá válik és gyulladásos reakció lép fel. Egyik formája az ínygyulladás, amikor a folyamat még visszafordítható és nem érinti a fog tartószerkezetét. A másik – súlyosabb – eset az, amikor megfelelő kezelés elmaradásakor a gyulladás már a fog rögzítő elemeire is ráterjed; a betegség legsúlyosabb formájában komoly csontpusztulás is tapasztalható és ez a fogak elvesztéséhez vezet. Jellemző, hogy a tünetek nem folyamatosan jelentkeznek, hosszabb tünetmentes időszakok váltakoznak hirtelen rosszabbodásokkal. Ezt az egyensúlyt meghatározza a szervezet védekezőképessége, illetve befolyásolják egyéb helyi, a plakk-képződést elősegítő faktorok. Ezzel magyarázható, hogy egyes belgyógyászati betegségekben (például cukorbaj, vérképzőszervi- vagy immunrendszeri betegségek) és terhesség esetén a fogágybetegség kialakulásának veszélye fokozottabb.
A betegség legfőbb kiváltó okai a dohányzás, a stressz, az elhanyagolt szájápolás. Ugyanakkor a fogágybetegség bizonyos fajtáinak létrejöttében genetikailag meghatározott gyulladáskeltő anyagok játsszák a főszerepet, vagyis akik egy bizonyos géntípust hordoznak, azoknál emelkedettebb a kockázat.
